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Criado em 24 de outubro de 1870, através de regulamento provincial, o Colégio Atheneu Sergipense somente começaria a funcionar no ano seguinte, 1871. Quando da publicação do Regulamento Orgânico da Instrução Pública, a província de Sergipe era presidida pelo tenente-coronel Francisco José Cardoso Júnior e tinha como inspetor-geral de instrução o bacharel Manoel Luís Azevedo D’Araújo, formado pela Faculdade de Direito de Recife e crédulo de que a educação era a única força capaz de mudar a vida social dos sergipanos. O regulamento proposto por Manoel Luís substituiu a legislação que vigorava desde o ano de 1858 e foi anunciado como a alternativa necessária para moralizar o ensino, cobrar a qualificação dos professores e disciplinar os serviços de inspeção escolar. O ato de criação estabeleceu o funcionamento de dois cursos: o de Humanidades e o Normal. Este último
mais tarde viria a se desmembrar, sendo transformado em Escola Normal, hoje Instituto de Educação Rui Barbosa.
Pesquisadores da história da educação em Sergipe, como Maria Thétis Nunes, reiteraram a importância do regulamento que criou a instituição de ensino e da contribuição daquele colégio para a formação da elite intelectual sergipana. A instituição surgiu para ser o maior expoente do ensino público secundário de Sergipe, o mais alto padrão de escola local, definidor do tipo de civilidade que a elite local pretendia forjar. A sua instalação somente ocorreria, efetivamente, em 03 de fevereiro de 1871, repercutindo muito na vida social aracajuana. Antes disto, no dia cinco de janeiro do mesmo ano, o inspetor geral das aulas e primeiro diretor do Atheneu, Manuel Luiz d’Azevedo e Araújo, cuidou de promover a primeira reunião da congregação dos lentes do Colégio. Dela participavam seis professores: Thomaz Leopoldo Deogo, Geminiano Paz d’Azevedo, Raphael Arcanjo de Moura Matos, Antônio Diniz Barreto, Tito Augusto Souto d’Andrade e Ignácio de Souza Valadão. Os dois últimos não participaram da reunião. Tito Augusto estava no exercício de outra função no governo da Província e Ignácio Valadão se encontrava na Província da Bahia, a serviço do governo de Sergipe, onde fora visitar a Escola Normal com o objetivo de conhecer o programa e os compêndios de Pedagogia ali utilizados.
A primeira reunião dos lentes do Atheneu foi convocada em função do próprio regulamento de 24 de outubro de 1870, segundo o qual naquela oportunidade seria eleito o secretário do estabelecimento de ensino e uma comissão encarregada de elaborar os estatutos do colégio. No processo de escolha do secretário da escola, o professor Geminiano Paz d’Azevedo recebeu dois votos, empatando assim com o seu colega Raphael Arcanjo de Moura Matos, que foi sufragado também por dois docentes. O professor Thomaz Leopoldo Deogo também teve seu nome lembrado, mas recebeu apenas um voto. O empate encaminhou a escolha para um sorteio entre os dois lentes mais votados e o professor Raphael Arcanjo de Moura Matos foi escolhido deste modo para exercer a função durante o ano de 1871. Para a comissão responsável pela elaboração dos estatutos do Atheneu foram indicados os professores Thomaz Leopoldo Deogo e Geminiano Paz d’Azevedo.
Antes mesmo da instalação do Atheneu, foi realizada a segunda reunião da congregação dos lentes do colégio, no dia doze de janeiro, sete dias após a realização da primeira sessão. Esta segunda reunião foi convocada por Manoel Luís para discutir e aprovar os estatutos propostos pela comissão designada no dia cinco de janeiro. Dela esteve ausente apenas o professor Tito Augusto Souto d’Andrade. Na discussão dos estatutos do Atheneu foi analisado o trabalho elaborado pela comissão que fora anteriormente designada. O documento foi encaminhado à apreciação do presidente da Província. A congregação aprovou também a indicação dos compêndios destinados à cadeira de Pedagogia, trazidos pelo professor Ignácio Valadão da visita que fizera à Escola Normal da Província da Bahia. A congregação determinou que a lista de livros fosse publicada no jornal oficial da Província de Sergipe e incorporada aos estatutos do colégio. O programa para a solenidade de instalação do Atheneu também foi discutido pela congregação, tendo sido determinada a celebração de uma missa e indicado o professor Geminiano Paes como orador que deveria falar em nome dos docentes.
O conjunto de informações existentes nas duas primeiras atas do Atheneu Sergipense e mais os registros que se seguem no primeiro livro de atas da congregação daquela secular instituição de ensino constituem uma espécie de certidão de nascimento do colégio, contendo a memória da formação das lideranças dos grupos da elite que atuaram em Sergipe e em outras regiões do Brasil a partir do último quartel do século XIX.
